1957 жылы қалалық аурухананың клиникалық базасында Алматы мемлекеттік медицина институтының балалар хирургиясы кафедрасы ұйымдастырылды. Кафедраның бірінші меңгерушісі болып медицина ғылымының кандидаты, доцент Черкасова Евдокия Давыдовна тағайындалды. 1968-2011 жылдар арасында кафедра меңгерушісі қызметін ҰҒА академигі, ҚР ғылымға еңбегі сіңген қайраткер К.С.Ормантаев атқарып келді (қазір кафедраның құрметті меңгерішісі).

Кафедраның 3 клиникалық базасы бар (№1 ҚКБА, БХ мен ПҒО, «Ақсай» АБА). 2011 жылдан бастап кафедра меңгерушісі қызметін балалар хирургиясы кафедрасының профессоры, медицина ғылымының кандидаты Қ.Т. Тұрсынов атқарып келеді. Кафедра қызметкерлерімен 1000 ғылыми жұмыс, оның 9 тарауы балалар хирургиясынан одақтық басшылықта және 13 монография жарық көрді. Балалардың хирургиялық ауруларының диагностикасы мен емінің негізгі сұрақтары бойынша 20 әдістемелік нұсқау басылып шықты. Кафедра студенттерінің ғылыми үйірмесі жыл сайын Бүкілодақтық, Бүкілресейлік студенттердің ғылыми үйірмесіне қатысып отырады. Жыл сайын алғашқы орындарға ие болады. Академик Ормантаев К.С. басшылығымен көп жылдан бері балалар хирургтарының қоғамы жұмыс жасап келеді. Бұл қоғам балалар хирургиясы бойынша Республикалық ғылыми-практикалық конференцияларды, «мастер — кластарды» ұйымдастыруға қатысады. Кафедра балалар хирургиясы мен педиатрия бойынша Орталық және Оңтүстік Азия, Америка, Европаның басқа елдерінің өткізген халықаралық ғылыми конференцияларына белсенді түрде қатысады және байланысып тұрады.