Алматы мемлекеттік медицина институтының балалар хирургиясы кафедрасы 1957 жылы қалалық аурухананың балалар хирургиясы клиникасы базасында құрылды. 1968 жылдан 2011 жылға дейін ҚазҰМУ балалар хирургиясы кафедрасының меңгерушісі – ҚР ҰҒА академигі, ҚР Мемлекеттік сыйлығының Лауреаты, ҚР еңбек сіңірген ғылым қайраткері Ормантаев К.С. (қазіргі кафедраның құрметті меңгерушісі). Кафедраның 3 клиникалық базасы бар (ЦНДМП, ЦПиДКХ, С. Д. Асфендияров атындағы ҚазҰМУ “Ақсай” университеттік клиникасы.).
2010 жылдан 2014 жылға дейін кафедра меңгерушісі профессор Турсунов Қ.Т. болды
профессор Ормантаев Алмас.Камалович
2014 жылдан 2020 жылға дейін кафедра меңгерушісі болды.

Қазіргі уақытта кафедра меңгерушісі «Шұғыл балаларға медициналық көмек көрсету орталығының» бас дәрігері, медицина ғылымдарының кандидаты Кусаинов Абай Зкриевич болып табылады.
18.11.2021 жылы балалар хирургиясы кафедрасының құрметті меңгерушісінің құрметіне академик К. С. Ормантаев балалар хирургиясы кафедрасы болып аталды.

Кафедра қызметкерлері 1000-нан астам ғылыми еңбектер жариялады, олардың ішінде балалар хирургиясы бойынша одақтық нұсқауларда 9 тарау, 13 монография, балалардағы хирургиялық ауруларды диагностикалау мен емдеудің өзекті мәселелері бойынша 20 әдістемелік ұсыныстар бар. Кафедраның студенттік үйірмесі жыл сайын үйірмелердің Бүкілодақтық және бүкілресейлік ғылыми-студенттік конференцияларына қатысады, онда студенттер жүлделі орындарға ие болады. Ормантаев К. С. басшылығымен көптеген жылдар бойы балалар хирургтары қоғамы жұмыс істейді, ол балалар хирургиясы бойынша Республикалық ғылыми-практикалық конференцияларды, “мастер — класстарды” мерзімді ұйымдастырады. Кафедра Еуропа, Америка, Орталық және Оңтүстік-Шығыс Азия елдерінің балалар хирургиясы және педиатриясы бойынша халықаралық ғылыми форумдарға қатысады.