Институтта педиатрия кафедрасы алғаш 1939 ж. үйымдастырылды. Ұйымдастыру жұмысы осы кафедраның ассистенті А.И.Авенироваға тапсырылды. Кафедра меңгерушісі орнына м.ғ.к. Константин Федорович Попов шақырылды (бұған дейін ол Мәскеуде тұрып жұмыс істейтін).

1941 ж. педиатрия факультетіне емдеу факультетінен 8 студент ауыстырылып, 1943 ж. осы кафедра педиатрлардың алғашқы түлектерін шығарды. Бұл кезде кафедра меңгерушісі Вениамин Александрович Сурат (Саратов қаласынан – Алматыға 1943 ж . келді) болды.

1948 ж. В.А.Сурат Волгоград қаласына кеткен соң кафедраны доцент Александр Михайлович Кропачаев басқарды. Ол кейінірек докторлық диссертация қорғап, 1952 ж. Красноярскіге кеткен соң кафедраны меңгеру доцент А.И.Авенироваға жүктелді. Ол СССР МҒА-ның Педиатрия институтында докторантураны сырттан тауысып, 1954 ж. Дәрігерлер білімін көтеру институтында (Мәскеу) докторлық диссертация қорғады. Тақырыбы: «Сәбилер асқазан-ішек жолы дерттерінде ішек жабайыларының мәні». Уақыт өтумен бала аурулары пәні жеке дара оқытыла бастады. 5-6 курс студенттері үшін госпиталдық педиатрия кафедрасы 1952ж. ұйымдастырылды, ал факультеттік педиатрия кафедрасы 4 — курс студенттеріне 1953ж. ашылды. Бұл кафедраларды ҚазССР-на еңбегі сіңген дәрігер, профессор А.И. Авенирова басқарды.

Кафедраның алғашқы оқытушылары: доцент, м.ғ.к. И.В.Вовнянко, Е.А.Трейлих, сосын кафедраға м.ғ.к.А.Г.Медведева, дәрігерлер Н.Ярочкина, С.Жуйко, Ф.Хасанова, Л.Спивак, Н.Львова келді. Кафедраның алғашқы аспиранттары В.А.Лебедева, А.Ш.Исмагилова, А.М.Толманова, Г.А.Балаханова болды, бұлар кандидаттық диссертациясын қорғаған соң педиатрия кафедрасының ассистенттері, доценті болды. Профессор А.И.Авенирова 100 ғылыми еңбек пен 2 монографияның авторы.

Бұл кезде кафедраның зерттеген ғылыми мәселесі «Балалардың асқазан – ішек жолы аурулары» болды.

1952-1964 жж. факультеттік педиатрия кафедрасында доцент Т.Ф. Грязева (кафедра меңгерушісі), ассистенттер Р.М.Макулова, О.С.Медведева, Г.М.Давлетказина, Н.И.Абдрагимов істеді. 1965-1970 жж. профессор Н.А.Барлыбаева, ал 1970-1991жж. профессор Н.П. Ярочкина басқарды. Соңғы кісі 200 ғылыми жұмыс пен 4 монографияның авторы. Бұл жылдары кафедраның ғылыми бағыты сәбилер пневмониясы мәселелерін зерттеу болды. Көп уақыт бойы кафедраның оқу жұмысын талантты педагог, жоғары дәрежелі клиницист, м.ғ.д., доцент З.Б. Сарсенбаева атқарды. Кафедрада 1965 ж. бастап істегендер м.ғ.к.: З.И.Кәріпжанова, Г.А.Сафина, Г.К.Кабдығалиева, Ф.Б.Биттеева, Р.П.Лобанова, Л.А.Тульчинский, И.А.Скоробогатова, Л.Н.Шинкаренко, асс. С.Д.Степанова, К.Б.Даленова, Г.В.Хван, М.Н.Рахманова, К.А.Кацюба, Т.М.Имамбаева.

1971-91 жж. институттық госпиталдық педиатрия кафедрасын Қаз ССР-ның еңбек сіңірген дәрігері, профессор Н.А. Барлыбаева басқарды., оның жетекшілігімен 12 диссертация қорғалды, оның 4 докторлық – В.С. Музыкантова, В.И Струков, К.В. Рахимова, З.Х. Мажитова. Негізгі ғылыми зерттеу жұмыстары балалар ревматизмі, рахит, сепсис, іштен болатын жүрек ақауларының диагнозы, клиникасы мен еміне арналды.

Профессор Н.А. Барлыбаева балалар ревматизмінің емі мен алдын алуын жолға қойды. Ревматизм, рахиттың алдын алу, Д-гипервитаминозы жайлы ғылыми зерттеулері аса маңызды болды. 258 ғылыми еңбек, оның ішінде 5 монографияның авторы. «СССР өнертапқышы және рационализаторы» белгісі, Қаз ССР ДСМ-нің аль-Фараби атындағы медалімен марапатталған.

25 жыл бойы осы кафедраның оқу жұмысын доцент А.Ш. Исмагилова басқарды: тамаша педагог, жоғары санатты нефролог педфакта оқу үдерісінің ұйымдастыру, жетілдіру ісіне қомақты үлес қосты.

80-жылдары кафедралар №1, №2 педиатрия кафедралары болып аталды, студенттерді факультеттік және госпиталдық педиатрия пәні бойынша оқытты. 1993-1998 жылдары №1 бала аурулары кафедрасын профессор Б.Ж. Тастанбеков басқарды.

1991 ж. балалар аурулары кафедрасын, ал 1999 ж. біріккен балалар аурулары кафедрасын Қазақ ССР-ның еңбек сіңірген дәрігері, профессор Б.Х.Хабижанов басқаруды қабылдап алды. 1999 ж. педиатрия факультетінің студенттері контингенті қысқаруына байланысты кафедраға бұрын бөлек қызмет атқарған емдеу факультеті мен емханалық педиатрия кафедралары қосылды. Соңғы екі кафедра 2003 және 2006 ж.ж. оқушылар саны артқан соң қайтадан бөлініп кетті.

ҚазҰМУ –ның №2 бала аурулары кафедрасы бұрынғы факультеттік және госпитальдық кафедралардың ізбасары болып саналады, оны басқарушы – проф. Б.Х.Хабижанов. Кафедрада жұмыс істейтіндер:оқу жұмысын басқарушы, профессор Құрманбекова С.Қ., Хитуова Л.К., Нұрғалиева Ж.Ж., ассистенттер: Лобанова Р.П., Шорина Е.Н., Қасымова Р.Н., Қайназарова С.Е., Қанағатова Г.М., Баймұратова А.Д., Кисленко А.В., Байғабылова М.С., Төлебаева А.К.

Кафедраның клиникалық базасы ҚР П ж БХ ҒО (Педиатрия және бала хирургиясы ғылыми орталығы). Кафедра қызметкерлері басқа қалалық клиникалық базалар мен көпсалалы облыстық ауруханада да студенттерді оқытады.

Университетте 1991 ж. қазақ тілінде оқыту енгізілген соң кафедра педиатрияны мемлекеттік тілде оқытудың оқу-әдістемелік орталығына айналды.

Кафедра тарихы мен бүкіл отандық педиатрияда есте қаларлық оқиға – 1997 ж. қазақ тілінде алғаш педиатрия бойынша «Балалар аурулары» атты оқулық шығарды, 2005 ж. оны толықтырып «Педиатрия» деген атаумен шығады (авторлары проф.Б.Х.Хабижанов, доцент С.Х.Хамзин). Кафедра қазір бұл оқулықтың 3-ші басылымын жарыққа шығарды.

Кафедрада «педиатрия» мамандығы бойынша ҚР медициналық ЖОО-на 12 типтік бағдарлама әзірленді. (1997, 2000, 2003ж.).

Проф. Н.А.Барлыбаева мен Б.Х.Хабижанов Республикада бала кардиоревматологтарының мектебін қалыптастыру мен дамуы үшін үлкен үлес қосты. Олардың көпжылдық еңбегі – ревматизмнің алдын алу үшін бициллин қолдану практикаға енді, балалар ревматизмі мен жүре пайда болған жүрек ақаулары мәселелерін шешу өз жемісін беріп, аталған дертті 20 есе азайтуға қол жетті №2 бала аурулары кафедрасы өзінің педагогтік, ғылыми және клиникалық жұмысын ҚР П және БХ ҒО-мен тығыз байланысты жүргізеді (кафедраның клиникалық базасы).

Кафедра меңгерушісі проф. Хабижанов Б.Х. – көп жыл бойы функционалдық кардиопатиялар, артериалды дистония, ювенилді артрит, жүрек ырғағының бұзылыстары, дәнекер тіндердің жүйелі аурулары, іштен болған жүрек ақаулары мәселелеріне арналған республикалық іргелі және қолданбалы ғылыми – техникалық бағдарламалардың жетекшісі; бұл бағдарламалардың іске асуына кафедра қызметкерлері атсалысуда.

Профессор Б.Х. Хабижанов 248 ғылыми еңбек, оның ішінде монография, жаңалық табу, әдістемелік ұсыныстар мен отандық медицина тарихы мен алғашқы ғалым-медиктер туралы кітап авторы; мысалы, дәрігер, ағартушы, қоғам қайраткері Халел Досмухамедов туралы.

Кафедра меңгерушісі проф. Б.Х.Хабижанов ҚР ДСМ-нің бас бала кардиоревматологы, оның жетекшілігімен 25 (5 докторлық, 20 кандидаттық) диссертация қорғалды.

Соңғы 10 жыл бойында кафедра ҚР Медициналық ЖОО-ның оқытушыларының біліктілігін көтеру курсын өткізеді, бұған қоса дәрігер-педиатрлардың санатын жоғарылату, бұл үшін түрлі аймақтарда көшпелі циклдар жүргізу.

Кафедраның профессор-оқытушылар құрамының жұмысының мәнді бөлігі – емдік кеңес беру, бұл тек Алматы қаласы емес, басқа да республика аймағында жүргізіледі (көшпелі циклдар өткізу кезінде)

Кафедраның халықаралық байланысына ДДҰ-ның Европалық және Регионалдық Бюросымен бірлесе оқу үдерісіне бала жасындағы ауруларды бірлестіре жүргізу, баланың физикалық даму стандарттарын енгізу жатады.

Университет құрамындағы бөлім ретінде №2 бала аурулары кафедрасы ҚазҰМУ-ның даму стратегиясын орындауға кейінгі жылдары да белсене қатысуда. Жұмыстың басты шарты − бәсекелестікке қабілетті, жан-жақты дәрігер дайындау, олардың қатарынан үш тілді, қажетті және ем-диагностиканың инновациялық технологияларды игерген, патриоттық сезімі жоғары Отан азаматын тәрбиелеп шығару.